在发生“堵”的现象后，就需要找出原因，主要是什么位置发生了“堵”。
注意，绝大多数情况下，整个系统只会有一个地方发生堵塞。查堵的方法是从尾向前逆向分段拆开，仔细观察压力数值，如果某一个部件（柱子除外）装上和拆下时的压力差别很大，可发展变化判断。至于柱的堵塞，可以通过换同样规格的柱的压力是否一致来判断。
溶剂入口过滤头
未经过滤的溶剂或溶剂瓶中生长的微生物都会降低溶剂入口过滤头的寿命，并影响泵性能.一般3个月清洗或更换。将溶剂入口管从过滤头和瓶盖组件处拨下，如果管线中充满溶剂，当过滤头性能---时，溶剂会自由地从管中滴出．如果堵塞，就没有溶剂或只有很少量的溶剂从管中滴出。不要使用超声清洗溶剂入口过滤头，否则玻璃颗粒可能是破碎造成堵塞。
柱压高⑴缓冲液盐分如（铵等）沉积于柱内；⑵样品污染沉积。处理对于种情况先用40～50℃的纯水，低速正向冲洗柱子，待柱压逐渐下降后，相应提高流速冲洗，柱压大幅度下降后，用常温纯水冲洗，之后用纯冲洗柱子30分钟；对于第二种情况，由样品的沉积引起污染的c18柱，层析泵，和纯水反向冲洗柱子，换成冲洗，接着用+异（4+6）冲洗柱子，再用换成冲洗，然后用纯水冲洗，后冲洗正向冲洗柱子30分钟以上。无指示⑴泵密封垫圈磨损；⑵大量气泡进入泵体。处理对于种情况，更换密封垫圈；对于第二种情况，在泵作用的同时，用一个50ml的玻璃针筒在泵的出口处帮助抽出空气。不稳定原因系统中有空气或者单向阀的宝石球和阀座之间夹有异物，使得两者不能密封。处理工作中注意观察流动相的量，---不锈钢滤器沉入储液器瓶底，避免吸入空气，流动相要充分脱气。如为单向阀和阀座之间夹有异物，拆下单向阀，放入盛有的烧杯用超声波清洗。
低压色谱（lplc）柱压一般低于5bar（或75psi）。 低压色谱一般是由---泵、进样阀和检测器组成，可以连续化，实现自动的梯度淋洗和馏分收集等操作。色谱柱管一般是玻璃或聚合物材料的，长度一般为240-440mm，内径为10-40mm。 对于大多数在紫外区有吸收的物质，光学检测器很常用。填料一般使用软质的葡聚糖、琼脂糖、纤维素、合成高聚物或离子交换剂，粒径一般为40-60μm。
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